Ο Ιωάννης Παφίλης σπούδασε Ιατρική στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων.
Μετά την αποφοίτηση του ασχολήθηκε με την έρευνα και αναγορεύτηκε Διδάκτορας (PhD) του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων.
Ειδικεύτηκε στην Μαιευτική και Γυναικολογία στα Πανεπιστημιακά Νοσοκομεία του Λίβερπουλ και του Μπέρμινχαμ της Αγγλίας καθώς και στην Πανεπιστημιακή κλινική του νοσοκομείου «Αλεξάνδρα» της Αθήνας.
Για το κλινικό και επιστημονικό του έργο στην κλινική πρόωρου τοκετού και καθ’έξιν αποβολών του Πανεπιστημιακού νοσοκομείου Liverpool Women’s Hospital του έχει απονεμηθεί ο τίτλος του Doctorate of Medicine από την Ιατρική Σχολή του Πανεπιστήμιου του Λίβερπουλ.
Μετά την λήψη του τίτλου της ειδικότητας εξειδικεύτηκε για δύο χρόνια στον τομέα της Εμβρυομητρικής Ιατρικής στο Royal Free Hospital του Λονδίνου.
Στη συνέχεια εξειδικεύτηκε για άλλα δύο χρόνια στον τομέα της Ιατρικής Εμβρύου στο Kings College Hospital του Λονδίνου που αποτελεί διεθνές κέντρο παραπομπής περιστατικών. Στο ίδιο νοσοκομείο εκπαιδεύτηκε στο υπερηχογράφημα καρδιάς του εμβρύου από την Καθηγήτρια Παιδοκαρδιολογίας Prof Allan.
Κατά το ίδιο χρονικό διάστημα είχε το σπάνιο προνόμιο να εργαστεί στο ιδιωτικό ιατρείο (Fetal Medicine Centre) του παγκοσμίου φήμης Καθηγητή Κύπρου Νικολαΐδη στο Λονδίνο (του ιατρού που μεταξύ των άλλων ανακάλυψε την αυχενική διαφάνεια), εκτελώντας μεταξύ των άλλων τις υπερηχογραφικές εξετάσεις του Καθηγητή. Για να δείτε περισσότερα πατήστε εδώ.
Είναι ένας από τους λίγους Έλληνες Διπλωματούχους Ιατρικής Εμβρύου (Diploma in Fetal Medicine-FMF).
Φέρει διεθνή άδεια εκτέλεσης υπερηχογραφήματος καρδιάς του εμβρύου καθώς και όλων των μαιευτικών υπερήχων και των ενδομήτριων επεμβάσεων από το Ίδρυμα Ιατρικής Εμβρύου (Fetal Medicine Foundation- FMF).
Επίσης φέρει άδεια εκτέλεσης υπερήχων από το Ελληνικό Υπουργείο Υγείας και Πρόνοιας.
Έχει κάνει δεκάδες παρουσίες και ομιλίες σε διεθνή συνέδρια και δημοσιεύσεις σε διεθνή περιοδικά.